Mezinárodní vědecká a odborná činnost je koordinována vědeckým sekretářem.
Aktivity v rámci mezinárodní spolupráce lze rozdělit do několika okruhů:

• Zastupování České republiky v Evropském sdružení pro živočišnou výrobu (EAAP)
  VÚŽV je dlouholetým oficiálním reprezentantem ČR v tomto sdružení a jeho hlavní mezinárodní aktivity jsou spojeny zejména s touto organizací.
  Již dlouholetou tradici má účast a prezentace prací našich vědeckých pracovníků na výročních zasedáních EAAP. VÚŽV je v přímém kontaktu s vedením a sekretariátem v Římě. V roce 2006 byla jmenována místopředsedkyní studijní komise produkčních systémů hospodářských zvířat Ing. Věra Mátlová.
  Pravidelnou součástí výročních zasedání jsou satelitní workshopy. Na pražském zassedání v roce 2005 byl ve spolupráci s FAO poprvé uskutečněn workshop reprezentantů jednotlivých členských států EAAP k problematice genetických zdrojů hospodářských zvířat, který se stal základem nynějšího Evropského střediska pro genetické zdroje (ERFP). Pro období 2006 – 2009 je Ing. Věra Mátlová členem řídícího výboru ERFP, kde zastupuje zájmy regionu střední a východní Evropy. 
• Využití a ochrana genetických zdrojů (prolink na genetické zdroje – stránky) a zastupování České republiky ve spolupráci s FAO/OSN v Římě 
  Na základě dohody s MZe ČR je Instituce pověřena zpracováním a realizací programů užití a ochrany genetických zdrojů vybraných plemen hospodářských zvířat v rámci mezinárodně koordinovaného projektu FAO. Národním koordinátorem programu je Ing. Věra Mátlová. 
• Podpora kontaktů mezi vědeckými pracovníky a vědeckými pracovišti
  Přínosem zahraničních pracovních cest, stáží a studijních pobytů je především profesní růst zejména mladých vědeckých pracovníků, navazování cenných pracovních kontaktů a vědeckotechnická spolupráce. VÚŽV je navštěvováno vědeckými a odbornými pracovníky nejen z Evropy, ale i např. z Japonska, Nového Zélandu a Kanady, kteří absolvují krátkodobé a dlouhodobé pracovní pobyty a stáže. 
• Pořádání konferencí
  V roce 2006 organizoval VÚŽV ve spolupráci se ČZU Praha a Federací evropských faremních chovatelů jelenovitých mezinárodní vědeckou konferenci – 6th International Deer Biology Congress. 
• Mezinárodní projekty výzkumu (Europe Science Foundation, rámcové program Evropské komise)
• Členství v redakčních radách zahraničních časopisů

Spolupráce na řešení konkrétních projektů se rozvíjí na základě uzavřených smluv se zahraničními ústavy a univerzitami, mezi které patří například:
- Panstwowy Instyut  Badawczy - Instytut Zootechniki, Krakow – Balice, Polsko
- Agrobioinstitute Sofia, Bulharsko
- University of Natural Resources and Applied Life Sciences, Vienna, Rakousko
- Slovenská poľnohospodárska univerzita v Nitre, Nitra, Slovenská republika
- Univerzita veterinárského lekárstva v Košiciach, Košice, Slovenská republika
- Slovenské centrum poľnohospodárskeho výskumu, Nitra, Slovenská republika
- Ondokuz Mayıs University, Faculty of Agriculture, Samsun, Turecko